从材料中可以看出有以下几项违法行为：

小李老师：

根据《中华人民共和国教师法》第八条规定，教师应履行的义务包括：教师应当履行制止有害于学生的行为或者其他侵犯学生合法权益的行为，批评和抵制有害于学生健康成长的现象。材料中小李作为班主任，在班上小明同学被其他学生欺负时表现的漠不关心。这违反了教师的义务。

学校：

《教师法》第十条规定国家实行教师资格制度。中国公民凡遵守宪法和法律，热爱教育事业，具有良好的思想品德，具备本法规定的学历或者经国家教师资格考试合格，有教育教学能力，经认定合格的，可以取得教师资格。学校聘用没有教师资格证的小李属于违法行为。

小明父亲：

《教师法》第三十五条规定侮辱、殴打教师的，根据不同情况，分别给予行政处分或者行政处罚；造成损害的，责令赔偿损失；情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。小明父亲因愤怒的冲到学校和小李老师进行激烈的语言冲突，辱骂并威胁老师。违背了教师法的要求。