学科课程是一种主张以学科为中心来编制的课程，即根据知识的逻辑体系，将所选出的知识组织为学科的课程。学科课程的主导价值在于传承人类文明，使学生掌握、传递和发展千百年来人类积累起来的知识文化遗产。

综合课程是指打破传统分科课程的知识领域，组合两个或两个以上的学科领域构成的课程。它强调学科之间的关联性、统一性和内在联系，是基于各门学科的内在联系编制而成的课程，是相对分科课程而言的。

二者的区别主要表现在：①划分维度不同。学科课程是按照学科固有的属性来划分的，而综合课程是按照课程内容的组织方式来划分的。②优缺点不同。学科课程重视每门学科知识的逻辑性、系统性和完整性；较少考虑不同学科之间的相互联系，把每一门学科看成是与其他学科互不相关的实体。而综合课程体现了文化或学科知识间相互作用、彼此关联的发展需求；忽视了每门学科自身的逻辑。